Skaftá river rises beneath the Skaftárjökull glacier and flows by Langisjór lake, Lakagígar and Eldgjá canyon down to the sea at Veiðiós and Kúðaós. The river is about 115 kilometres in length and the municipality Skaftárhreppur derives its name from Skaftá river.
Skaftá er jökulá og eru upptök hennar í Skaftárjökli. Frá jökli liðast Skaftáin niður hálendið sunnan megin við Langasjó og niður á milli hinna fornu eldstöðva Lakagíga og Eldgjár. Eftir Skaftárdalnum hlykkjast áin niður á láglendið og rennur sunnan við þorpið Kirkjubæjarklaustur á leið sinni til sjávar.
Frá miðri síðustu öld hafa komið mörg jökulhlaup í Skaftána. Jökulhlaupin eiga uppruna sinn í tveimur kötlum undir jökli - Skaftárkatlar í Skaftárjökli, þegar brennsluvatn frá jarðhitasvæði í Skaftárjökli fer að renna í katlana. Hlaupunum fylgir megn brennisteinsþefur og bera þau fram aurleðju sem sest á bakka árinnar og getur valdið sandfoki og gróðureyðingu í umhverfi árinnar.
Á hálendinu koma þverár í Skaftá, meðal þeirra eru Nyrðri og Syðri Ófæra, Grjótá og Hellisá. Vatnasvið Skaftár við Skaftárdal er um 1400 m2 og meðalrennsli um 122 m3/sek. Framan við Skaftárdal greinist Skaftáin í margar kvíslar, Skaftárdalsvatn, en greinist síðar í þrjár kvíslar, vestast rennur Ása Eldvatnið sem rennur í Tungufljót þau verða að Flögulóni eftir það heitir þetta mikla vatn Kúðafljót. Árkvíslarnar renna um Eldhraunið og eiga sterkastan þátt í vatnasviði Landbrots og Meðallands.
Skaftáin rennur áfram austur með Síðu og fellur fram neðan við Kirkjubæjarklaustur með fram Landbroti þar rennur áin á frekar hallalitlu svæði breiðir úr sér og rennur nánast á sandbotni alla leið niður til ósa. Á leið hennar til ósa bætast í hana bergvatnsár og lækir. T.d. Breiðbalakvísl,Fossálar, Hæðargarðslækur og Tungulækur margir fleiri lækir renna í ána og sumir þeirra tengjsat smá vötnum. Skaftáin og vatnasvæði hennar neðan Kirkjubæjarklausturs er vel þekkt og vinsælt Veiðisvæði. Eins er með vatnasvæði Skaftár í Meðalandi þar eru mikil veiðisvæði í t.d. í Eldvatni og Steinsmýrarflóðum.